公益財団法人は「特定公益増進法人」に該当し、その寄附金は税制上の優遇措置の対象となります。

１　法人税の寄附金控除

法人が特定公益増進法人に対して支出した寄附金については、①一般寄附金損金算入限度額とは別に、
別枠の②特別損金算入限度額が設けられています。

①一般損金算入限度額
（資本金等の額の2.5/1000＋所得金額の2.5／100）×1／4
② 特別損金算入限度額
（資本金等の額の3.75/1000＋所得金額の6.25／100）×1／2
（上記は、当期の月数が12ヶ月である場合の計算式です。）

特定公益増進法人に対する寄附金のうち、②特別損金算入限度額を超えて損金に算入されなかった部分の金額は、一般寄附金の額と合わせて、①一般損金算入限度額の範囲内で損金算入ができます。

参考：No.5283　特定公益増進法人に対する寄附金（国税庁タックスアンサー）